Quattro eserciti sono in lotta per il dominio del mondo digitale: Fusion Heart, Bleu Flare, l’esercito di Knightmon e l'esercito Bagra.
Tre degli eserciti sono guidati da esseri umani, mentre l'esercito Bagra è condotto da Digimon. Lo scopo della guerra è quello di trovare tutte le Corone del codice, frammenti che sono stati sparsi nel mondo digitale….Solo colui che riuscirà a riunire tutti i frammenti per ricomporre la Corona originale sarà in grado di sottomettere l'intero mondo digitale alla propria volontà. Chi sarà il re Digimon che governerà il mondo digitale?
La sesta serie animata della saga delle anime Digimon ideata da Akiyoshi Hongo, ha ispirato la realizzazione di due giochi di carte, un gioco on-line e un videogioco.